たとえ話にします。 CLAUDE.md が「社員への口頭の指示書」だとすると、settings.json は「システムの設定画面」です。 CLAUDE.md はAIが読んで考えますが、settings.json はClaude Code本体が読んで、そのまま動きを変えます。
| 誰が読む | 何を書く | |
|---|---|---|
| CLAUDE.md | AI（読んで考える） | 仕事のやり方・決まり |
| settings.json | Claude Code本体（そのまま実行） | 許可・フック・環境変数など |
CLAUDE.md は毎回読まれる決まり。ただしAIへのお願いなので、絶対に外せない事は deny（No.04）かフック（No.06）で仕組みにする。つまり、「お願い」はCLAUDE.md、「必ずこうする」は設定ファイル、と覚えると迷いません。
| 場所 | 効く範囲 | チームへの共有 |
|---|---|---|
~/.claude/settings.json（ユーザー） |
自分の全作業場 | されない |
.claude/settings.json（作業場用） |
その作業場だけ | される（コミット＝変更を履歴に記録して共有できる形にすれば） |
.claude/settings.local.json（ローカル） |
その作業場の、自分だけ | されない |
選び方は「自分だけか、この作業場だけか」。毎日どこでも使う物はユーザー、その作業場に限る物は作業場用、自分の例外はローカルです。
同じ項目が複数あると、近い方が勝ちます。強い順に、ローカル → 作業場用 → ユーザーです（この上に、会社が配る「管理設定」と、起動時に渡す指定があります）。
ただし許可の一覧（permissions.allow など）のようなリストは、上書きではなく合体します。足し算になるので、片方を消さずに追加できます。
○ よくある勘違い：「作業場用の設定が自分の設定を消す」→ ×。リストは合体します
○ 関係する単元：No.04 許可と安全装置（許可はここに書かれます）
主に、許可（permissions）・フック（hooks、No.06）・環境変数（env。プログラムに渡す設定値）・使うモデルなどです。書き方はJSON（{ } の中に「項目名: 値」を並べる書き方）で、1つ見るだけで十分です。
{
"permissions": { "allow": ["Bash(git status)"] },
"env": { "TZ": "Asia/Tokyo" }
}
「許可」と「環境変数」が1つずつ入っている例です。
あなたの環境では ~/.claude/settings.json にフックなどが入っていて、作業場の .claude/ にも設定があります。まず開いて、どの項目がどこにあるかを眺めるのが最短です。鍵（APIキー。外のサービスを使うための合言葉のような文字列）のような秘密は、作業場の共有ファイルに書きません。
許可の確認で「今後は聞かない」を選ぶと、Claude Code自身が .claude/settings.local.json に許可を書き足します。自分では書いていないのに設定が増えているのは、これです。
自分だけ＝ユーザー、この作業場だけ＝作業場用、この作業場の自分の例外＝ローカル。近い物が勝つ。
問1 「どの作業場でも、毎日自分が使うフックを入れたい」。どこに書く？
問2 ユーザー設定と作業場用の設定で、同じ項目に違う値が書いてあります。どちらが使われる？
出典：Claude Code 公式ドキュメント「Settings files and precedence」（https://code.claude.com/docs/en/settings 、旧 docs.claude.com から移転）／手元の ~/.claude/settings.json の構成